小松駅は北陸本線が小松まで開通した１８８２(明治３０)年９月２０日に開業した。１９９７(平成９)年１０月に小松駅連続立体化事業が着工され２００２(平成１４)年１１月１８日から高架の新線に切り替えられた。高架区間は小松駅を挟む約３.６km 区間で、５ヵ所の踏切を除去し、１８ヵ所の道路と立体交差する。現在の新しい小松駅は相対式２面３線でエレベータとエスカレータを備え、中２階の高架下駅舎も同時に使用が開始された。
　小松駅周辺整備事業は、その後は旧線が撤去され、ＪＲ西日本と小松市により駅前広場が整備され、２００４(平成１６)年３月１４日に完成記念式
典が行われた。ホームは東側１番線が金沢方面、２、３番線が島式ホームで３番線が福井方面２番線が待避線となっている。営業時間は５時３０分から２０時までとなっている。２０１７年４月からＩＣＯＣＡ導入に伴い自動改札機が設置された。
　高架下には大規模駐輪場が設置され、東口には大規模な平面式駐車場がある。東口には建設機械製造のコマツの小松工場があったが、粟津工場に統合され、２０１１年５月１２日跡地に「こまつの杜」がオープンした、巨大なダンプカーが展示されている。
このダンプカーはホームからも見ることができる。実際にチリの鉱山て使用されていたものを化粧直しして展示しており、積載量は２９７屯。他に旧本社屋を復元した、わくわくコマツ館がある。
　西口にはバスターミナルがあり、小松空港行きのバスも発着する。西口の大規模平面式駐車場は「こまつ芸術劇場うらら」の金沢側線路沿いにある。駅前広場の先には古い商店街が残っているが、商店街のアーケードが無くなり、西口駅前から真宗大谷派本覚寺の巨大な屋根が見えるようになった。駅から金沢寄り約２kmのところに石川県立小松高校がある。
　粟津温泉・那谷寺への最寄り駅で西口バスターミナルから小松バスが連絡している。粟津温泉へは１時間に１本、那谷寺へは１日４往復運行されている。加賀白山バスが、いしかわ動物園へ連絡している。
　西口の旧大和ビルは２０１０年６月に大和が撤退した後も残っていたが２０１３年に解体され、現在公立小松大学の校舎が建っている。東口の小松製作所小松工場の跡地の一部に２０１４年３月２２日にサイエンスヒルズこまつ「ひととものづくり科学館」がオープンした。