芦原温泉駅は北陸線が小松まで開通した１８９７(明治３０)年９月２０日に金津駅として開業した。１９７２（昭和４７）年３月に芦原温泉駅に改称し、１９７３年５月に駅前広場完成。１９９０(平成２)年５月駅前周辺整備事業が完成し、北陸本線で最初の橋上駅となっている。　芦原温泉駅には速達型のサンダーバードを除くほとんどの特急列車が停車する。ＪＲ西日本の直営駅で窓口の営業時間は５時１５分から２２時３０分まで。
　駅前からは芦原温泉、東尋坊、永平寺を結ぶ京福バスが発着している。金津駅からは京福電鉄が永平寺と結んでいたが１９６９(昭和４４)年９月１８日に金津−東古市間が廃線となった。京福電鉄永平寺線のホーム跡が今も１番線の向い側に残っている。
　ホームは４線で１、２番線が金沢方面、３、４番線が福井方面となっている。２番３番線が本線で１番線と４番線が待避線で、１番線には敦賀・福井方面からの芦原温泉止まりの列車が到着し同じホームから折り返す。橋上の自由通路は駅の東西を結んでいる。西口が表で、東口が裏となっていて表側に比べ通路、階段とも幅が狭くなっている。
　駅前には駐車場が整備されているが、駐輪場は屋根がない。以前は駅から離れた場所に屋根付き駐輪場があったが、利用率が悪いのか取り壊されて市営駐車場になっている。駅東側にも駐輪場と駐車場がある。駅名となっている芦原温泉はここから４kmほど西にあり駅前には多くのタクシーが客待ちをしている。温泉への乗客はグループの人数によりタクシー、路線バス、旅館・ホテルの送迎バスを利用する。芦原温泉街までのタクシー料金は４人乗車だと１人あたり５６０円くらいとなる。
　芦原温泉は福井駅から、えちぜん鉄道を利用しても行けるが、このルートで行く人は少ない。「芦原温泉駅」と言う駅名が芦原温泉へはこの駅からということに寄与している。観光名所はホーム階段入口の案内にあるように芦原湯町、東尋坊、永平寺だが、永平寺へは福井駅東口から京福リムジンバスが運行する特急永平寺ライナーがメインルートになっている。