近江塩津駅は北陸本線の木ノ本駅−敦賀駅間が柳ヶ瀬経由から深坂トンネル経由の新線に切り替えられた、１９５７(昭３２)年１０月１日に開業した。１９７４(昭和４９)年７月２０日に湖西線が開業し乗り入れている。
　ホームは１番線が湖西線京都方面、２番線が待避線、３番線が北陸本線敦賀方面、４番線が北陸本線米原方面となっている。０番線にはホームが無く湖西線から敦賀方面への特急列車が通過する。２番線は特急の通過待ちと、米原−近江塩津駅の列車の降車ホームとして使用する。
　敦賀側に引上線があり、折り返し列車は一旦引上線に入り、列車の合間に４番線へ入線する。湖西線から米原方面へは同一ホームで乗換できるが、米原方面からの折り返し列車から敦賀方面へは連絡通路を渡る必要がある。
　北陸本線の特急列車「しらさぎ」は敦賀方面は３番線、米原方面は４番線を通過する。湖西線の京都方面への特急列車は１番線を通過する。　簡易依託駅のため、列車の遅れが発生した場合、信号係が１番線ホームに立ち、無線と白旗で通過列車に指示を出す。
　ＩＣＯＣＡなどのＩＣ乗車券が使用できるのは当駅までで金沢支社管内の新疋田駅から先は使用できない。ＩＣ乗車券で乗車して敦賀方面へ向かう場合は一旦改札で読み取り端末で処理する必要がある。２０１８年９月１５日からはＩＣ乗車券で金沢まで乗車できるようになる。
　駅舎は「海道・あぢかまの宿」との合築となっている。「あぢかま」とは鴨の別名。駅のある場所は山の中だが、駅前の国道８号線を南へ走ると琵琶湖の北端に出る、かつてここに港(津)があり平安の頃より、北陸・越後から運ばれてくる海産物、特に塩の輸送の重要な中継地だったため塩津の地名となっている。道の駅「塩津海道あぢかまの里」がある。