１９４３(昭和１８)年４月１０日に湯ノ尾信号場として開設され１９４８(昭和２３)年９月１日に駅に昇格し湯尾駅として開業した。ホームは相対式で上下線ホームは跨線橋で結ばれている。駅舎側が敦賀方面で、跨線橋を渡った側が福井方面。福井方面ホーム側は畑のみでホームへの出入口は無い。
　駅舎はログハウス風で終日無人駅。券売機は設置されていないが、定期券以外の利用者が非常に少ないため、車掌の車内販売で対応できる。
　２００６年に出入口のステップが省略されている５２１系に対応して上下線ホームの２両分が嵩上げされた。その後２００９年に５２１系の本格的導入に伴い４両分に追加嵩上げされている。駅名標も新しいタイプに変更された。駅前には駐輪場とパークアンドライド用の駐車場が設置されている。
　駅のすぐ前を石川県加賀市と三重県四日市を結ぶ国道３６５号線が通っている。この道路は全線２車線以上だが途中の栃ノ木峠が冬期間通行止めになり、通り抜けができなくなる。今庄から分かれて敦賀に至る国道４７６号線に木ノ芽峠トンネルが開通し、南越と敦賀を結ぶ主要道路となっている。ホームからは平行して走る北陸自動車道が見える。敦賀側には今庄インターの取付け道路の跨線橋が、福井側には高速道路本線の跨線橋が見える。駅の東側を日野川が流れ、湯尾の集落は駅から１kmほど敦賀寄りにある。